Покровителем научного центра «Токио» является итальянский педагог Лорис Малагуцци – основоположник педагогической методики Реджио-Эмилия. Главная особенность этой методики – проектная деятельность как основной подход к получению знаний. Дети выбирают тему, которую будут изучать на протяжении нескольких занятий. Например, дети работают над проектом по созданию модели солнечной системы из подручных материалов. В течение нескольких занятий они слушают лекцию педагога по выбранной теме и задают вопросы, обсуждают свои идеи, придумывают, как выполнить поставленную задачу, и реализуют свою идею. С помощью педагога они ведут документацию процесса и грамотно оформляют полученные данные. Педагог выступает в роли соавтора исследовательских работ. Данная методика направлена на развитие любознательности и усидчивости у детей. 

Главные принципы методики Реджио-Эмилия:

1. Документация – во время учебного процесса ребенок ведет документацию своих научных проектов, что позволяет ему полностью погрузиться в изучаемый вопрос, а также увидеть свои достижения и результаты. 
2. Командная работа – дети учатся говорить друг с другом и работать в команде;
3. Активное общение – каждому ребенку дана возможность задавать бесчисленное количество вопросов, ответы на которые он ищет вместе с другими детьми и педагогами, тем самым самостоятельно развивая свой интерес к знаниям в процессе общения;
4. Практика – дети учатся применять полученные во время обучения знания на практике;
5. Активность – в рамках данной методики поощряется активность ребенка, а темп обучения постоянно меняется в зависимости от изучаемого вопроса. Такой подход развивает адаптивность и самоуверенность в ребенке.